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A pequena igreja de São João Baptista, localizada numa pequena várzea rural do território flaviaense, foi construída num momento indeterminado da Baixa Idade Média, situável genericamente nos séculos XIII-XIV. Esta data tardia corresponde, assim, a uma época em que, nos principais centros urbanos do país, o Românico há muito havia sido substituído pelo Gótico, pelo que a edificação desta capela segundo princípios estilísticos ultrapassados encontra justificação no marco geográfico-cultural que presidiu à sua erecção, em local ermo e certamente com poucos recursos financeiros. Por todo o Norte e Interior centro do país encontram-se templos genericamente semelhantes, facto que comprova como a sobrevivência do Românico foi muito mais além do que tradicionalmente se pensaria.
É um pequeno templo de planta longitudinal, composto por nave única e capela-mor mais baixa e estreita que o corpo, a que se adossa sacristia do lado Norte, dotada de torre presumivelmente sineira. A fachada principal é de pano único, aberta por portal axial de arco de volta perfeita sobrepujado por óculo circular, existindo ainda três pontos de apoio de um desaparecido alpendre. A fachada meridional integra porta lateral a pleno centro e o telhado descarrega sobre linha de cachorrada composta por modilhões decorados, alguns de feitura recente. No interior destaca-se o arco triunfal, também de volta perfeita com moldura exterior decorada com motivo encordoado e impostas ornamentadas com elementos geométricos.
Infelizmente, não se conhecem referências documentais à capela durante os séculos finais da Idade Média e os iniciais da época moderna. Na transição para o século XVI, as suas paredes foram revestidas por pinturas murais, que, de acordo com Catarina Valença, têm analogias com outras composições do interior do país, em Trancoso e Belmonte. A documentação dos séculos XVIII e XIX refere-se a questões de transmissão de direitos do padroado. Em 1984, depois de décadas e décadas sem manutenção, a cobertura da nave ruiu, arrastando consigo parte das cornijas de sustentação do telhado. O restauro ocorreu apenas em 1992, assim se conservando até à actualidade.
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